SluitenHelpPrint
Switch to English
Cursus: SK-B2NMRM
SK-B2NMRM
NMR-spectroscopie en molecular modelling
Cursus informatieRooster
CursuscodeSK-B2NMRM
Studiepunten (ECTS)7,5
Categorie / Niveau2 (Bachelor Verdiepend)
CursustypeCursorisch onderwijs
VoertaalNederlands
Aangeboden doorFaculteit Betawetenschappen; Undergraduate School Bètawetenschappen;
Contactpersoondr. A.M.J.J. Bonvin
Telefoon+31 30 2533859
E-maila.m.j.j.bonvin@uu.nl
Docenten
Docent
prof. dr. M Baldus
Overige cursussen docent
Docent
dr. A.M.J.J. Bonvin
Overige cursussen docent
Contactpersoon van de cursus
dr. A.M.J.J. Bonvin
Overige cursussen docent
Blok
3  (03-02-2020 t/m 17-04-2020)
Aanvangsblok
3
TimeslotD: WO-middag, WO-namiddag, Vrijdag
Onderwijsvorm
Voltijd
OpmerkingSK-B2MEME of SK-BANV13 kan in combinatie met SK-B2NMRM.
Cursusinschrijving geopendvanaf 28-10-2019 t/m 24-11-2019
AanmeldingsprocedureOsiris
Inschrijven via OSIRISJa
Inschrijven voor bijvakkersNee
VoorinschrijvingNee
Na-inschrijvingJa
Na-inschrijving geopendvanaf 20-01-2020 t/m 21-01-2020
WachtlijstJa
PlaatsingsprocedureStudiepunt/Student desk
Cursusdoelen
Na afronding van de cursus heeft de student:
·         begrip gekregen van moleculaire modellering en specifieke toepassingen ervan binnen de scheikunde en levenswetenschappen (met een accent op klassieke methoden)
·         inzicht in de keuzes die men moet maken om een systeem goed te modelleren (b.v.: Welke vrijheidsgraden zijn relevant om een bepaald probleem te kunnen oplossen? Hoe beschrijf ik de interactie tussen deeltjes? Welke conformationele zoekmethode is het meest geschikt voor mijn probleem?)
·         ervaring opgedaan met het modelleren van (bio)chemische systemen op computers met behulp van verschillende software
·         kennis van de basisprincipes van en apparatuur nodig voor NMR spectroscopie en analyses van NMR data
·         inzicht in hoe magnetische resonantietechnieken toegepast worden in verschillende medische en chemische disciplines, met name de structuurbiologie
Na afronding van de cursus is de student in staat:
·         om de beste modelleringsmethode de kiezen voor een bepaalde toepassing
·         om experimentele data met modellen te combineren om een probleem op te lossen
·         om multidimensionele NMR spectra toe te kennen
·         modelling en NMR data die in de literatuur beschreven is te begrijpen en te beoordelen
Inhoud
Deze cursus behandelt de principes van moleculaire modellering en NMR spectroscopie. Beide hebben brede toepassingen binnen scheikunde, levenswetenschappen en materiaalkunde.
 
Het onderdeel moleculaire modellering concentreert zich op klassieke modelleringsmethodes (dus geen kwantum beschrijving) voor toepassing op biologische moleculen. De student leert hoe moleculen, hun interacties en energetica kunnen worden beschreven in een computer, en verschillende methoden om de conformatieruimte te doorzoeken naar energie minima. Deze technieken worden vaak toegepast in structuur biologie (b.v. Röntgen-crystallografie en NMR) om structuren van eiwitten te berekenen op basis van experimentele gegevens.
 
In het onderdeel NMR worden de basisprincipes van de techniek uitgelegd alsmede de verschillende fenomenen die aan de basis liggen van NMR experimenten en de daaraan gerelateerde observables, en de brede toepassingen van NMR in analytische chemie, levenswetenschappen en materiaalkunde en imaging.
In het computer practicum komen NMR en moleculaire modellering samen om op basis van NMR data de structuur van een biomoleculaire complex de voorspellen.
Competenties
-
Ingangseisen
Je moet voldoen aan de volgende eisen
  • Ingeschreven voor een opleiding van de faculteit Faculteit Betawetenschappen
Voorkennis
Kennis van de fysische chemie en NMR zoals beschreven in de biophysiche chemie cursus (jaar 1) en van de natuur en wiskunde zoals beschreven in wis- en natuurkunde 1. Basiskennis van spectroscopie en kwantum mechanica.
Voorkennis kan worden opgedaan met
[a] (Bio)fysische chemie cursus (sk-bfyan13 of sk-b1bifc) en van de natuur en wiskunde zoals beschreven in wis- en natuurkunde 1 (sk-bwsnk1).
[b] A self-study of Linux (required for the computer practical) using for example: http://swcarpentry.github.io/shell-novice/
Verplicht materiaal
-
Aanbevolen materiaal
Software
VMWare Player (software alleen in CLZ)
Reader
NMR reader
Boek
A.E. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2nd edition ©2001, Pearson
ISBN:9780582382107
Werkvormen
Computerpracticum

Hoorcollege

Werkcollege

Toetsen
Eindresultaat
Weging100
Minimum cijfer-

Beoordeling
45% tentamen A+45% tentamen B+10%practicum. A+B gemiddeld min. 5,0, practicum min. 5,0. Minimum eindcijfer afgerond 6. 1 hertentamen over A+B, dat beide deelcijfers vervangt.

SluitenHelpPrint
Switch to English