SluitenHelpPrint
Switch to English
Cursus: B-B3MPMI18
B-B3MPMI18
Moleculaire plant-microbe interacties
Cursus informatie
CursuscodeB-B3MPMI18
Studiepunten (EC)7,5
Cursusdoelen
Leerdoelen
Na afloop van deze cursus kun je:
  • de karakteristieken beschrijven van verschillende interacties van de plant met goedaardige en kwaadaardige microben en insecten,
  • de belangrijkste cellulaire en moleculaire mechanismen beschrijven van afweer dan wel aantrekking tussen de verschillende interactoren (plant-micobe/insect en vice versa),
  • verklaren hoe afweer- en virulentiemechanismen zich gedurende de evolutie hebben ontwikkeld,
  • beschrijven wat de belangrijkste regulatiemechanismen door plantenhormonen van afweer zijn en hoe deze worden beïnvloed door meerdere stress-stimuli,
  • begrip hebben van de functionele relatie van de plant met zijn microbioom, wat effect heeft op plantengroei en -afweer en op de microbiële samenstelling (in de bodem),
  • kunnen uitleggen hoe bovenstaande leerdoelen experimenteel kunnen worden bestudeerd,
  • begrip krijgen van de relatie tussen planten en microben via bioinformatische analyses van high-throughput genomics data op het niveau van transcriptomen en metagenomen,
  • een literatuuronderzoek uitvoeren, een onderzoeksvraag formuleren, wetenschappelijke experimenten bedenken, experimenten uitvoeren, en presenteren (oraal en schriftelijk).
Vaardigheden
  • formuleren van een onderzoeksvraag,
  • uitvoeren van de onderzoekscyclus (experimenteren, resultaten interpreteren en kritisch bediscussiëren),
  • aan de hand van wetenschappelijke literatuur een complex biologisch probleem systematisch analyseren en verwerken in een onderzoeksvoorstel en essay,
  • bioinformatische methodieken gebruiken om genomische data van plant-microbe interacties te analyseren en te visualiseren (gebruik maken van de command line en R)
  • mondeling en schriftelijk rapporteren, bediscussiëren en peer reviewen van resultaten en syntheses.
Inhoud
Ingangseisen
Niveau 2 cursus Moleculair genetische onderzoekstechnieken en/of de Cel is verplicht. Het wordt aangeraden om de cursussen Microbiële interacties of Plantenfysiologie gehaald te hebben. Als je Planten Adaptatie en Afweer gehaald hebt, ben je uitgesloten van deelname aan deze cursus.
 
Studiepad
Molecular Plant-Microbe Interactions is een kerncursus van de studiepaden Plantenbiologie en Microbiologie. Bovendien is de cursus een (keuze)onderdeel van de Bachelor “Molecular Life Sciences”. De cusus geeft een goede voorbereiding op de masterprogramma’s Environmental Biology, Molecular and Cellular Life Sciences and Science and Business Management.

Inhoudsbeschrijving
Doel van deze cursus is te begrijpen hoe planten en goed- of kwaardaardige microben op elkaar reageren, wat bepalend is voor hun succes in verschillende interacties. In de cursus komen meerdere integratieniveaus van plant-microben (en -insecten) interacties aan bod: van genen, signaalmoleculen, afweerstoffen, hele organismen, tot (microbiële) populatie-effecten. Gedurende vijf weken wordt er in het laboratorium geëxperimenteerd, waarbij plantenziekte toetsen met microben en insecten worden uitgevoerd en er moleculaire reacties worden gemeten om de complexiteit hiervan te doorgronden. In computerpractica worden bioinformatische analyses van genomische data uitgevoerd. Daarnaast wordt primaire wetenschappelijke literatuur verwerkt in een populair artikel en in een verdiepende vervolg-projectaanvraag.
 
Onderwijsvormen
Hoorcolleges, werkcolleges, practica (groepjes van 2 of 3), computerpractica, schrijven en reviewen van een populair wetenschap artikel en een onderzoeksvoorstel (in 2-tallen). De resultaten van de practica presenteer je aan je collega-studenten op een mini-symposium. Het artikel en voorstel worden gepitcht en ge(peer-)reviewt.
 
Toetsing
Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Het eindcijfer bestaat uit een gewogen gemiddelde van: tentamen (60%),
(computer)practicum (15%), artikel (12,5%) en onderzoeksvoorstel (12,5%). Voor elk van de onderdelen moet je minimaal een 5,5 halen.
 
Studiemateriaal
Labjas, handleiding, labjournaal, laptop.
SluitenHelpPrint
Switch to English