BIOINFORMATICA
Studiepunten: 7.5 Cursuscode: BMW11219
Coördinator: dr. John Meeuwsen Periode: 4
E-mailadres: J.A.L.Meeuwsen-2@umcutrecht.nl Timeslot: A+D
Tel.nr.: 06-11108490 Niveau: 1
Inhoud:
In de huidige tijd wordt er een toenemende hoeveelheid data door onderzoekers gegenereerd en verzameld. Het correct omgaan met grote hoeveelheden data wordt daarom voor veel onderzoekers steeds belangrijker. In het vak Bioinformatica worden biomedische onderzoeksgegevens (zoals sequencing data van een ‘genomics’ of ‘transcriptomics’ experiment) benaderd vanuit de statistiek en informatica om de data te analyseren en te interpreteren.
Met behulp van hoorcolleges, werkcolleges en computerondersteund onderwijs leren de studenten omgaan met grote datasets in R, een programmeertaal. Daarnaast leren de studenten de basisbeginselen van de statistiek rondom het opzetten van experimenten en interpreteren van resultaten. Hierbij maken de studenten zelf een opdracht waarin ze nadenken over verschillen tussen wat in de krant staat en wat er in wetenschappelijke artikelen of datasets staat. Ook leren ze om eenvoudige analyses betreffende methodiek, statistiek en bioinformatica uit te voeren in R.
De opgedane kennis over bioinformatica wordt toegepast in een opdracht waarbij in kleine groepen een poster wordt gemaakt over een artikel waarin bioinformatica wordt gebruikt. Tijdens het afsluitende symposium worden deze posters gepresenteerd aan medestudenten en experts in het vakgebied.
Vereiste voorkennis:
De student moet kennis hebben van de leerstof uit de voorgaande verplichte vakken van het eerste jaar.
Leerdoelen:
Kennis en inzicht
Na afronding van de cursus is de student in staat om:
- de opzet van een ‘genomics’- en ‘transcriptomics’ experiment in termen van onderzoeksvragen, patiënten, samples en experimenten te formuleren;
- verschillende visualisatiemethoden in de statistiek en bioinformatica te omschrijven en toe te passen;
- methodologische basisconcepten uit wetenschappelijke onderzoek te interpreteren en toe te lichten;
- statistische basisconcepten uit wetenschappelijk onderzoek te interpreteren en uit te leggen;
- uit te leggen hoe verantwoordelijk moet worden omgegaan met (privacy gevoelige informatie in) grote datasets;
- bewust te kiezen tussen het zelf uitvoeren van statistische analyses en het hulp zoeken bij een statisticus (bewust bekwaam en onbekwaam);
Vaardigheden
Na afloop van de cursus kan de student:
- een goede onderzoeksopzet herkennen en kiezen bij een onderzoeksvraag;
- populaire en wetenschappelijke publicaties analyseren en beoordelen op methodologische en statistische aspecten;
- eenvoudige analyses van de methodiek, statistiek en bioinformatica toepassen met R software;
- wetenschappelijke artikelen evalueren en presenteren via een posterpresentatie.
Attitude
De student geeft blijk van:
- een kritische houding ten opzichte van eigen en andermans werk.
Onderwijsvorm(en) en contacttijd:
Het onderwijs bestaat uit hoorcolleges, werkcolleges, computerondersteund onderwijs, een posterpresentatie en zelfstudie. De contacttijd is ca. 10 uur per week.
Toetsvormen:
De cursus omvat twee toetsmomenten waarin de opgedane kennis, het inzicht en de vaardigheden digitaal worden getoetst. Deeltoets 1 telt mee voor 30% en deeltoets 2 voor 50% van het eindcijfer. Daarnaast wordt ook de inhoud en presentatie van de poster beoordeeld (20%). Het geven van feedback op de posters van andere groepen is een verplicht onderdeel van de cursus. In het blokboek worden verdere details over de beoordeling van de poster vermeld. De inleveropdracht voor statistiek is verplicht en moet met een voldoende beoordeeld worden. Deelname aan het symposium is verplicht. Het eindcijfer van de cursus moet tenminste 5,5 zijn. Voor beide deeltoetsen moet tenminste een 4,0 gehaald worden en voor de posteropdracht minimaal een 5,0. Compensatie is mogelijk volgens de regels die in het blokboek zijn beschreven.
Benodigd materiaal (boeken):
- Blokboek Bioinformatica (digitaal);
- The Practice of Statistics in the Life Sciences, B. Baldi & D.S. Moore, 4th Edition (2018), W.H. Freeman and Company. (Aanbevolen als naslagwerk voor het statistiekonderwijs)
- In het onderwijs wordt met name de digitale omgeving ‘Sapling’ gebruikt, waarvoor je toegang ontvangt als je het ‘pack’ of de ‘Access Card’ koopt.
- Pack (Fysieke boek + ebook en Sapling) – ISBN 9781949374025
- Access Card (ebook en Sapling) – ISBN 9781319190897
|
 |
|