Het blok “stofwisseling en endocrinologie” sluit vrijwel naadloos aan op het blok “digestie”. Concreet bouwt dit blok voort op waar het blok “digestie” min of meer geëindigd is, namelijk wat gebeurt er in het lichaam met de fermentatie- en verteringsproducten. Onder stofwisseling wordt het complex van biochemische en fysische processen verstaan die zich voordoen bij de opbouw, de afbraak en de instandhouding van weefsels, en bij de verwerving, opslag en mobilisatie van energie. Allereerst worden de koolhydraat, de vet, en de eiwitstofwisseling behandeld. Daarna komt de nutriëntvoorziening via voedermiddelen en de mineralen- en vitaminehuishouding aan bod. Vervolgens wordt uitgebreid stilgestaan bij de energiebalans.
 

In het tweede deel van het blok zal de balans gezond- vs. ziek verder doorbuigen naar de ziekte-kant. De stofwisselingsziekten hebben betrekking op stoornissen in de energie- en elektrolytenhuishouding en de glucose- en vetstofwisseling. Endocriene aandoeningen zijn vaak gekenmerkt door een tekort of een overmaat aan hormonen. Deze overmaat of dat tekort geeft dan  aanleiding tot een welomschreven ziektebeeld, dat soms één en soms meerdere organen kan betreffen. De endocriene organen die aan de orde komen zijn de hypothalamus en hypofyse, de bijnieren, de schildklieren, de bijschildklieren en de endocriene pancreas.